Instytut Filozofii UJ prowadzi od 2013 roku studia stacjonarne II stopnia o profilu ogólnoakademickim na kierunku kognitywistyka. Przedmiotem tych interdyscyplinarnych studiów są dociekania na temat tego jak ludzie oraz systemy sztucznej inteligencji poznają otaczający świat i w nim działają. Studia dają wiedzę i umiejętności z zakresu filozofii, logiki, informatyki, lingwistyki, psychologii oraz neuronauki, zgodnie z efektami kształcenia określonymi w uchwale Senatu UJ nr 6/I/2013. Do zaliczenia każdego roku studiów wymagane jest uzyskanie 60 punktów ECTS w ramach planu studiów. Do zaliczenia całego toku studiów należy uzyskać 120 punktów ECTS. W całym toku studiów studenci mogą decydować o wykorzystaniu 54 ECTS. Ukończenie studiów następuje poprzez złożenie pracy dyplomowej (pracy magisterskiej) oraz zaliczenie egzaminu dyplomowego. Absolwent/ka studiów otrzymuje tytuł zawodowy magistra kognitywistyki.

Studia magisterskie mają charakter badawczy oraz tutorialowy. Pod opieką pracownika naukowego student projektuje tok swoich studiów w optymalny sposób na potrzeby realizacji projektu badawczego, stanowiącego przedmiot pracy dyplomowej. Jednocześnie w trakcie Seminarium kognitywistycznego (trzy semestry) studenci integrują wiedzę z dyscyplin szczegółowych w interdyscyplinarne, kognitywistyczne rozumienie ludzkiego i sztucznego poznania. Po zdobyciu niezbędnej wiedzy oraz umiejętności praktycznych, student realizuje własny projekt badawczy, pracę przeglądową lub wdrożeniową pod opieką pracownika naukowego.